El fondo del AHPSEM se conforma, principalmente, de documentos manuscritos del siglo XVI al XIX, la mayoría de su procedencia corresponde a los archivos locales, es decir, conventuales. Estos derivan de las funciones parroquiales y de los documentos propios de la orden, se alberga correspondencia, decretos provinciales, libros parroquiales, como registros de bautismos, matrimonios, entierros, entre otros.
También se cuenta con documentos relacionados con los asuntos propios de las Provincias, como libros de gobierno, decretos y actas capitulares. En menor medida, se cuenta con documentos del Comisario General que son de carácter general, es decir, de todas las Provincias Franciscanas de Nueva España del siglo XIX.
Actualmente se cuenta con 15 elementos digitalizados.
