Tesis profesional presentada por Daniel Eduardo Sepúlveda Robles

Maestría en Ciencias de la Computación. Departamento de Computación, Electrónica y Mecatrónica. Escuela de Ingeniería, Universidad de las Américas Puebla.

Jurado Calificador

Presidente: Dr. Mauricio Javier Osorio Galindo
Vocal y Director: Dr. Daniel Vallejo Rodríguez
Secretario: Dr. Fernando Antonio Aguilera Ramírez

Cholula, Puebla, México a 9 de diciembre de 2010.

Resumen

En este trabajo se presenta el proyecto molUDLAP, un simulador de Acoplamiento Molecular (AC) de tipo académico. Primero se presentan algunos de los aspectos más importantes del AC considerados para el diseño de este sistema; después se trata el procedimiento para la realización de dicho proyecto, para el cual se usaron distintos tipos de APIS en Java de tipo open source. Se presenta una breve descripción de cada herramienta (API) utilizada, también se describen los objetivos por los que...

Resumen (archivo pdf, 17 kb).

Índice de contenido

Portada (archivo pdf, 69 kb)

Agradecimientos (archivo pdf, 6 kb)

Índices (archivo pdf, 41 kb)

Capítulo 1. Resumen (archivo pdf, 43 kb)

Capítulo 2. Introducción (archivo pdf, 48 kb)

Capítulo 3. Objetivos (archivo pdf, 36 kb)

  • 3.1 Materiales y Métodos

Capítulo 4. Antecedentes (archivo pdf, 303 kb)

  • 4.1 El problema del Acoplamiento Molecular
  • 4.2 Implementaciones que existen para Acoplamiento Molecular
  • 4.3 AutoDock
  • 4.4 Gold
  • 4.5 FlexX
  • 4.6 DOCK e ICM
  • 4.7 Algunas aplicaciones de acoplamiento en el diseño de fármacos
  • 4.8 Algunos de los impactos del SW de acoplamiento
  • 4.9 Tipos de Acoplamiento Molecular
  • 4.10 Definición del problema
  • 4.11 El principio detrás del acoplamiento
  • 4.12 Tipos de interacciones
  • 4.13 Problemas de acoplamiento
  • 4.14 Aplicaciones que tiene el Acoplamiento Molecular
  • 4.15 Técnicas computacionales para hacer Acoplamiento Molecular
  • 4.16 La función de puntuación en el Acoplamiento Molecular
  • 4.17 Métodos usuales en la evaluación de la energía libre de enlace
  • 4.18 Calculo para la entropía
  • 4.19 Papel de las moléculas de agua
  • 4.20 La flexibilidad de la proteína
  • 4.21 Muestreo heurístico
  • 4.22 Evaluación comparativa de los puntos de referencia
  • 4.23 EL protein data bank (PDB)

Capítulo 5. Desarrollo (archivo pdf, 515 kb)

  • 5.1 El proceso del Acoplamiento Molecular
  • 5.2 Aspectos del Acoplamiento Molecular
  • 5.3 Algoritmos de Búsqueda
  • 5.4 Grid
  • 5.5 Funciones de puntuación
  • 5.6 Force Fields
  • 5.7 Aspectos que se deben considerar durante la realización de un programa de Acoplamiento Molecular
  • 5.8 Formula implementada en molUDLAP
  • 5.9 Calibración de la formula implementada en molUDLAP
  • 5.10 Algoritmo de Búsqueda
  • 5.11 Apis de java disponibles para la implementación de programas de química-informática
  • 5.12 Desarrollo de la aplicación
  • 5.13 Partes que contiene el proyecto molUDLAP

Capítulo 6. Resultados (archivo pdf, 350 kb)

  • 6.1 Resultados

Capítulo 7. Conclusiones (archivo pdf, 23 kb)

  • 7.1 Logros Del Proyecto
  • 7.2 Trabajo a Futuro
  • 7.3 Citas Bibliográficas

Referencias (archivo pdf, 28 kb)

Apéndice A. Sobre el funcionamiento de molUDLAP (archivo pdf, 129 kb)

Sepúlveda Robles, D. E. 2010. Diseño de una aplicación para la simulación del Acoplamiento Molecular "Proteína-Ligando" Mediante Herramientas Basadas en Java. Tesis Maestría. Ciencias de la Computación. Departamento de Computación, Electrónica y Mecatrónica, Escuela de Ingeniería, Universidad de las Américas Puebla. Diciembre. Derechos Reservados © 2010.